致病因素作用于人体后，就会引起相关脏腑的阴阳失调。这种阴阳失调的全过程，就是疾病发生、发展与变化的机理，即病机。换言之，病机就是病因作用于人体后引起的机体内部变化的规律。这种规律的特点为邪正斗争、阴阳失调、脏腑功能紊乱、气机升降失常等。根据性功能障碍疾病的发病原固及临床表现，其病机主要为阴阳失调、脏腑功能紊乱等。
阴阳麦调
阴阳的相对平衡是保持机体生命活动的基本条件。一旦阴阳的平衡状态被打破，就会呈现出一系列阴阳偏盛偏衰的变化。但概括起来，不外乎四种，即阳胜则热，阴胜则寒，阳虚则外寒，阴虚则内热。就性功能障碍疾病而言，这四种病理变化尤为突出。这里所说的“胜”（同盛）与“衰”都是指病邪而言。例如阳胜则热，即阳邪侵犯人体后所呈现的热性病变，如男子阳强、女子性欲亢进等；阴胜刚寒：即阴邪侵犯人体后所呈现的寒性病变，如男子阳痿、女子性欲淡漠等；阳虚则外寒，即指阳气虚损，机能减弱，特别是肾阳虚衰，更容易导致性功能的早衰；阴虚则内热，即指机体阴分（包括精、血、津液等）耗伤，由于阴分偏虚不能相对地制约阳气，机体就会呈现虚热内动的病理状态，如遗精、早泄蹦及交接出血等，阴阳失调不是固定不变的。在疾病的演变过程中，由于机体条件的差异或致病因素的反复干扰，阴阳失调的性质还会起变化，阴阳失调的程度还会加剧。这就是为什么有些阳强病人会出现阳痿，阳痿的病人会出现一时性的性欲兴奋；为什么有些遗精病人会出现滑精不止乃至虚脱，而有些梦交的病人会出现精神错乱。所以说，明确阴阳失调的病理变化，对诊断性动能障碍疾病的证候性质十分重要，这就是《内经》强调的“善诊者，察色按脉，先别阴阳”道理之所在。
脏腑功能紊乱
性功能障碍与人之三宝精、气、神的异常变化有直接关系，而精、气、神的根宅寓二于心、肝、肾、所以性功能障碍是原于心神、肝气、肾精失调的疾病。心为君火，主神明。人的精神意识及思维活动是心脏重要功能之一，故有“心者，精神之所舍”的说法。精神充沛，思维不乱，对房事生活有明确认识的人，一般不会患性功能障碍疾病。古人说：“凡欲身之无病，必先正其心，使其不乱求，心不狂思，不贪嗜欲，不著迷惑，则心君泰然笑”。古代医籍中所说的“神交”，就是要求夫妇双方心念专一，情意投合。否则，邪念一起，心神不宁，君火一变为邪火，便会引起强阳、早泄、梦遗及女子性欲亢进等。而且，君火为邪念所感，还会引起相火妄动，导致色欲伤诸疾。肝为木，司疏泄，主气机条达。由思欲不遂而致的疾病，多与肝失疏泄有关。疏泄太过则会出现遗精、早泄、交接出血等病，而疏泄不及则会出现不射精、逆行射精、性交昏厥等病。另外，肝气有余还会化为火、为风，风火相煽，阳浮不肯潜伏，阴精随之外泄，形成精稀、精少、无精等伤精症。又，肝的经脉循行于前阴，前明诸疾无不与肝经相关。
肾为水，主藏精，内寄相火。人体精的生成，储藏和排泄都由肾主管。而肾主管精的功能又由相火（又称命门之火、真火、元阳等）统辖。正如清代汪绂说：“肾藏精，肾为作强之官，伎巧出焉，积一身之精液，聚而藏之于肾，以为生育之本，及于命火一动，则男女交而精泄，所以戚胚胎也。”可见精与相火气化有关。如果相火不足，不能温养阴精，就会出现阳痿、精寒不育、性早衰等；若相火妄动，逼精外泄，就会出现遗精、早泄、阳强等。先辈言，精能生气，气能养神。气聚则精盈，精盈则气盛，精盈气盛则神足。但人年16以后，精先泄。精伤而气馁，气馁而神散。可见精气神三者之中，以精为宝。肾藏精，又为元气之根。肾精耗，则诸脏之精亦耗。故心肝肾三脏之中，肾与性功能障碍疾病尤为关切。古代医籍中，把性功能障碍诸疾放在肾病门中讨论是很有见地的。