病因就是指破坏人体相对平衡状态而引起发病的因素。我国古代医学家通过长期的大量的医疗实践，经过比较、分析、综合，逐渐形成了独特的病因学说。东汉张仲景在《金匮要略》中最早提出了三因致病说，即：“干般疢难，不越三条：一者，经络受邪，入脏腑，为内所园也；一者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室金刃虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”以后，经过逐渐探索、补充。到了南宋，陈无择编著了一部《三因极一病证方论》，他把复杂多变的病因丹为三类。一为内因，即内伤七情；二为外因，即外感六淫；三为不内外因，即指饮食饥饱、房室不节、虫兽外伤等。其内容更符合临床实际，更系统化、理论化。由此，三因致病说，一直为后代医家所遵遁。性功能障碍疾病的病因，也不超越传统的三因致病说，但我们不能忽视其自身的特异性，这对防治性功能障碍疾病是十分重要的。
1、心理因素
《素女经》说：“夫阴阳交接，节度为之奈何？……欲知其道，在于定气、安心，和志，三气皆至，神明统归……”。这里所说的“三气”，就是讲正常的心理状态。如果心理状态失去平衡，五志过极，就会影响房事生活。如恐惧不释而致的阳痿，怒气伤肝而致的交接出血，思念不遂而致的性欲冷漠等。如果既病之后终日忧心冲冲，会使病情更加严重。
2、气候因素
因感受非时之气而致的性功能障碍疾病并不少见。如风冷所客的阳痿、阴冷；困湿热浸淫所致的遗精、早泄等。正如明代薛生白所说：“阴冷属肝经有湿热，外乘风冷所致”。张景岳也把“湿热下流”作为遗精的主要原因之一。清代沈金鳌则说：“其成暑湿热部，脾胃受伤，色黄，神倦气馁，致成遗泄症欤。”可见，六淫外侵亦不可忽视。
3、饮食因素
嗜食肥甘及醇酒，是性功能障碍疾病的常见病因。嗜食肥甘易生湿生热生痰，古有“怪病多痰”与“痰生百病”之说。前阴病症也与“痰”有关。现代医学研究认为，体内脂肪增多可致性功能减退，这是由于性激素过多地输送、沉积在脂肪组织内所引起的。如男子阳痿、女子不孕、性欲淡漠等。食酒过多致病甚多，张景岳说：“凡饮食之类，则人之脏气各有所宜，似不必过于拘执，惟酒多者为不宜。……酒性淫热，非惟乱性，亦且乱精，精为酒乱，则湿热其半，真精其半耳。叶醇酒体湿性热，既可兴阳，又可败阳。所以，性功能障碍疾病与之关系甚密。因此，从预防学角度讲，戒酒或控制酒量是防止性功能障碍疾病的首要条件，还是张景岳说的好：“与其多饮，不如少饮}与其少饮，犹不如不饮。
4、起居图素
起居是指行住坐卧，早起晚息。《内经》记有四时起卧养生法，井认为久坐、久卧、久行、久立等都可伤及气血肌肉。还认为久坐湿地会伤肾气，肾气伤就会引起前阴患病。沈金鳌认为遗精与坐夜劳心有关，他说：“读书夜坐，阳气上升，充塞上窍，疲多鼻塞，能食，上盛下衰，寐则阳直降而精下注，有梦而泄欤。”他如起居不慎，使风寒暑湿之邪乘虚侵袭，伤气伤精伤肾而致病者，屡有发生。
5、房室因素
由于房室不知节欲而引起的性功能障碍疾病最为常见。如青少年时期的习惯手淫，新婚夫妇的合欢纵欲，乃至随着年龄的增长不知慎欲保精，都会导致性功能减退或痛苦。古代医学家十分强调男女交合之“道”，过个“道”就是适度。适度是相对的，它要根据性别、年龄、气候、环境、心理及身体条件而有所变化。不懂得这个适度，过欲或绝少有欲都会发生疾病。特别是过欲，前人喻如“杀人刀”，能蔓生出许多疾病，造成精（血）清精冷精少乃至无精，人体少精或无精，不但会发生性功能障碍疾病，还会损伤元气，影响寿命。
6、外伤因素
外伤因素也有多神，如男女交合中的粗暴行为，可以直接伤害生殖器官，出现阴道出血、早泄，以及阳痿、性交痛等。久骑自行车或久坐硬物的人，也会导致性欲减退，前阴出血及筋聚等。至于打架斗殴更易伤害生殖器官，由此引起的损伤还不易治愈，故应加强法制教育，减少这类疾病的发生。
7、药物因素
因服药不当而引起的阳痿、遗精、血精、性欲淡漠等，古籍早有论及。但因病而自服壮阳强精药反使病情加重者亦不少见。现代医学家经临床发现，激素类药、自主神经拮抗药、抗高血压药、镇静药、安眠药、抗雄激素药等，对性功能都有异常影响；大麻、海洛因对性功能影响更大。医生在诊治性功能障碍疾病时，应充分考虑到药物因素。还有因其他疾病而导致性功能障碍者。