《黄帝明堂经》在历史上又被称作“明堂”、“明堂经”。追溯古代历史，最早“明堂”二字曾是指黄帝时代的一种建筑，是黄帝测天象、观四方和举行重大政治文化活动的场所。后来，将腧穴书普遍冠以“明堂”二字，最关键的原因是古人运用了中医最常见的“取类比象”的方法。在针灸腧穴理论上，将腧穴分属十二经，每经各有五输，皆自下而上依次流注，与“明堂”建筑有十二宫，而帝王每月居一室，依次轮流居住的特点相合。并且在针灸治疗上取五输穴的原则也与时令有关，这也符合“明堂”的特点。自《黄帝明堂经》用“明堂”二字命名起，与月令相关“明堂”渐渐成为针灸腧穴书的代称，以致“明堂”成为针灸腧穴的代名词。
在中国，《黄帝明堂经》原书最晚在宋代就已经佚失，但其内容却被后世文献代代相承地辑录和保存下来。
最早引录《明堂经》一书的是魏晋时期的《针灸甲乙经》，但由于《甲乙经》是一部类书，因而没有按《明堂经》原型抄录；唐代政府曾两次下令重修《明堂经》：一为甄权撰修之《明堂图》，一为杨上善奉敕撰注之《黄帝内经明堂》十三卷；另有杨玄操注本《黄帝明堂经》。其中，值得重视的是杨上善《黄帝内经明堂》，保留了较多《黄帝明堂经》的原始内容，遗憾的是现仅残存序文和卷一部分，藏于日本仁和寺中。但令人欣慰的是，即便这本书现不全，其内容已经被日本·丹波康赖所撰《医心方》辑录，因此现存的《医心方》是研究《黄帝明堂经》内容的珍贵材料。
值得一提的是，在我国敦煌出土的古代医学卷子中，有三片针灸腧穴文献残页，经日本小曾户洋先生考证，确认是《黄帝明堂经》的一种古传本。
《黄帝明堂经》约成书于西汉末至东汉延平年间（公元前138年～公元106年），堪称我国第一部腧穴学专著。先秦两汉时期，在针灸未形成独立的专科之前，大量的针灸治疗内容散见于“医经”、“经方”类医书中。据《汉书·艺文志》记载，当时有关医药的著作就有医经七家，经方十一家，共四百九十卷。《黄帝明堂经》是对汉以前散在医书中的针灸腧穴文献的一次全面总结，它博采汉代及汉以前包括《内经》在内的医书中的大量针灸文献，对腧穴的名称、部位、主治病症及刺灸法诸方面进行了首次全面系统的总结和统一工作。