阿魏入药性温，味苦辛，归肝、脾、胃经。据测定，含有挥发油、树脂和树胶等成分，具有消积、杀虫的功效，常用于治疗癥瘕痞块、虫积、肉积、心腹冷痛、疟疾、痢疾等症。《本草经疏》载：“阿魏，其气臭烈殊常，故善杀诸虫，专辟恶气。辛则走而不守，温则通而能行，故能消积，利诸窍，除秽恶也。”现代药理研究表明，其有效成分能自肠道吸收，可作驱风剂灌肠之用，亦可作刺激性祛痰剂，用于支气管炎、百日咳或哮喘患者；其煎剂对结核杆菌有抑制作用；阿魏水浸剂能延长血凝时间，并能显著降低血浆对肝素的耐受力。国外报道，阿魏含有较多的胶质，可用作抗惊厥或治疗某些精神病，还有的用于驱虫。临床报道，有人以阿魏为主组方，配以柴胡、甘草、当归须、赤芍、桔梗，水煎服，治疗血管瘤取得良好效果，随访6年未见恶化。
阿魏内服多入丸、散；外用可熬制膏药或研末入膏药内贴敷。
由于阿魏过去一直是进口，所以货源相对紧缺，于是市场上有以葱属植物的鳞茎加工仿制的伪品，冒充阿魏。真品阿魏多数由球粒凝聚而成大小不等的块状。外表暗黄色或黑棕色，贮藏日久，则变为红棕色。新采集的阿魏，断面为乳白色或浅黄棕色，或有红棕色交错其间，被称为“五彩阿魏”；质如脂膏状物，硬度如白蜡；加水研磨，成白色乳状液。由于含有近20%的挥发油，所以具有强烈而持久的大蒜样臭气，故又称“臭阿魏”，用口尝之味苦辣如蒜样。而加工的伪品外观呈不规则块状或颗粒状，表面黄棕色或棕褐色，略具光泽，断面不具有正品的特征；质地较疏松，手碾之易碎；水研不具有真品的上述特征，也不具有真品特殊的蒜臭气，闻之仅具有葱蒜气味，但不强烈。《本草纲目》记载了当时广为流传的谚语：“谚云：黄芩无假，阿魏无真。”并一针见血地指出：“以其多伪也。”可明代著名医学家却言“阿魏无真却有真，臭而止臭乃为珍”。这说明阿魏有真有假，使用时要仔细辨之。