药酒的制作主要涉及三个方面：酒的选择，中药材的选用和加工，药酒的制作方法，以及药酒的储藏。
一、酒的选择
药酒，用白酒、米酒或黄酒加入相应的中药材经过浸泡加工配制而成。药酒按照其作用大体可分为治疗性药酒和滋补性药酒二类。滋补性药酒虽然对某些疾病有一定防治作用，但其主要是对人体起滋补保健作用，促进身体健康。此类药酒多具有较好的色、香和独特风味，可作为一般饮料酒，可以佐餐或随量饮用。治疗性药酒是以治疗或防治疾病为主要作用的药酒，在配方上多有一定的要求。
药酒是酒和中药共同加工制成的一种饮品，其中酒主要起溶解、析出、稳定、调和味道等作用。药酒的酒精度根据选用的酒种而有高有低。部分外用药酒，还可以用药用酒精来配制。在制作药酒时，选择何种类的酒作为溶媒是炮制药酒的头道步骤。
早在唐代，我国第一部官修的药典《新修本草》就指出：“诸酒醇醨不同，唯米酒入药。”宋明时期，都是用米酒作为配制药酒的原料，至清朝始，渐渐普及使用白酒来浸泡药物。现今，大多数药酒仍然以白酒作为溶媒，这是因为白酒酒精浓度较高，容易将药材中的有效成分析出。制作药酒时，不论选择何种酒作为溶媒体，都应注意酒的质量、浓度和用量。所谓酒的质量，主要指在购买酒时，要注意酒的色泽、气味、口感等。一般说，炮制药酒使用质量优等的酒为佳。以白酒为例，好的白酒应是无色透明，不混浊，无沉淀物，气味芳香，口味甘醇浓烈。而黄酒的质量则要求色黄褐而透明，气味浓郁淳厚，口感柔和爽口。制作药酒时，根据所需药酒的性能和功效，把握好酒的浓度，十分重要。如果酒的浓度过高，药物中的水分容易被渗出，而药质变硬，有效成分反而难以溶解析出。如果酒的浓度过低，则药物可能因吸收水分而体积膨胀，同时一些苦味质及杂质等易被溶出，影响药酒的气味。一般来说，配制滋补类药酒时，应用的原料酒的浓度可以低一些；配制祛风湿，、活气血、疏经络的药酒，则原料酒的浓度可高些。
二、中药材的选用和加工
配制药酒时，要按照其主治和功效，选用适当的中药，特别注意同名但不同种药材，或同一药材不同使用部位或不同加工炮制的功能差异。如牛膝有淮牛膝和川牛膝的不同，淮牛膝产于河南，含有多量钾盐和皂甙，功能以补肝肾，强筋骨为主；川牛膝则产于四川，不含皂甙成分，临床应用以活血化瘀，引血下行为主，两者有较大区别。另如，地黄有生地、熟地之分，生地擅长清热凉血养阴，而熟地偏于养血滋阴补肾；当归用须活血，用身则补血；小麦分淮小麦和浮小麦，前者安神，后者敛汗；黄芪用于固表、利水、托疮等应生用，用于健脾补中气应炙用。凡此种种，选用均应加以注意。
选择好药材之后， 在制作药酒之前，还应进行适当加工处理， 如洗净泥沙、拣去杂质、切片轧粉、装袋包扎等。此外，有些药材还要进行炮制加工，以减轻毒性，使适于用来制作药酒。早在唐代，孙思邈就在《千金要方》中指出：“凡合药酒，皆薄切药。”一般说，用来浸泡药酒的中药都应或切成薄片、碎片，或轧成粗末、小块，有的矿石类及介壳类药还需碾成细粉状，这样做的目的是扩大药物与酒液的接触面，有利于中药有效成分的扩散、溶解和析出。但也要注意碾末不宜太细，过细则破坏药物的细胞，可使细胞内一些粘液质或不溶物质进入酒液，不但不利于有效成分的扩散、溶解，还会使药酒混浊。有的药物带有毒性，如附子、半夏等药物，使用之前应进行必要的炮制加工后再使用。