麻风分枝杆菌致病力不强，多数健康人对其有抵抗力，故受染者多而发病者少。麻风分枝杆菌为细胞内寄生菌，故其发病更多与细胞免疫有关。机体对麻风分枝杆菌及其抗原物质的免疫状态及反应的不同，直接反映到发病后组织中的细菌状态、免疫病理改变和患者的临床表现上。一般麻风患者的体液免疫基本正常，能产生麻风抗体，但此种抗体不具有抗感染作用。
瘤型麻风患者还可产生过量的麻风抗体。由于此抗体相应的抗原含有的主要成分为磷脂，与人体组织细胞中的磷脂成分具共同抗原性，成为引起临床麻风性结节红斑反应时，出现的皮肤、关节、神经损害的基本原因。相反，麻风患者的细胞免疫常有不同程度的缺陷。根据其缺陷的程度，在临床发病上表现为类似光谱一样的连续变化疾病谱。如细胞免疫功能极度低下，对麻风分枝杆菌缺乏免疫反应，病理表现广泛的皮肤损害并含有大量生长繁殖的麻风杆菌，即为临床的瘤型麻风病理特点。
如细胞免疫损伤仅轻到中度，对麻风杆菌尚有足够的免疫反应，则临床表现为皮损局限但较明显，组织中少菌或无菌，伴有局限而明显的周围神经炎，则为临床另一极端的结核样型麻风的特点。在这两种极端型之间，尚有几种居间的连续变化形式存在。两个极端的患者通常较稳定，而中间类型可因机体免疫状态改变或病情变化向两个极端方向演变。早期未定类麻风患者一部分可自愈，多数逐渐向其他各种临床类型转变。