痉咳期诊断容易。病程早期，凡有下列情况者均应予注意：咳嗽日渐加重，夜间更甚；当地百日咳流行或有与百日咳患者接触史；咳嗽虽重，但不发热且肺部及胸片无阳性发现；白细胞总数与淋巴细胞数增高较明显者。
百日咳的鉴别诊断
1、支气管炎与肺炎：有时也可痉咳，但多在起病几日内即可出现，咳后无鸡鸣样吸气声；肺炎患儿多有发热，无淋巴细胞明显增多，肺部有中细湿罗音，胸片有肺部炎症。
2、气管、支气管异物：有异物吸入呛咳史，起病突然，虽有阵发性痉咳，但无鸡鸣样吸气声。
3、肺门淋巴结结核：肿大淋巴结压迫气管支气管，尤其是气管分叉处，可引起类似百日咳的阵咳，但无鸡鸣样吸气声，还可根据结核接触史，胸部X线检查等鉴别。
4、百日咳综合征：本病临床症状酷似百日咳，可分离到1，2，3，5型腺病毒、副百日咳杆菌或衣原体等，但无百日咳杆菌。