主要发病机理是气血、阴精不足，经行之后，气血阴精更亏，清窍失养所致；或由痰、瘀之邪，值经期随冲气上逆，邪气上扰清窍致痛。常见的分型有气血虚弱、阴虚阳亢、瘀血阻滞和痰湿中阻。
经行头痛的发病机制
一、气血虚弱：素体虚弱，或大病久病，耗伤气血，或劳倦伤脾，气血化源不足，经行之际，气血下注冲任，气血更虚，不足以濡养清窍，以致头痛。
二、阴虚阳亢：素体阴虚，或房劳多产，耗伤精血，经行则冲任阴血外泄，致肾阴更虚，而肝阳益亢，风阳上扰清窍，而致头痛。
三、瘀血阻滞：情志不畅，气滞而血瘀，或经期产后，感受寒热之邪．余血内留，经前冲气偏盛，冲气挟瘀血上逆，阻滞脑络，“不通则痛”，故致头痛。
四、痰湿中阻：肥胖之人，痰湿内盛，或饮食劳倦伤脾，痰湿内生，痰湿滞于冲任，经行之际，冲脉气盛，冲气挟痰湿上逆，阻滞脑络，“不通则痛”，遂致头痛。