药酒制作法，古人早有论述，如《素问》中有“上古圣人作汤液醒”，“邪气时至、服之万全”的论述，这是药酒治病的较早记载。东汉，张仲景的《金匾要略)中收载的红蓝花酒、麻黄醇酒汤所采取的煮服方法，则类似于现代的热浸法。
唐，孙思邈的《备急千金要方》则较全面地论述了药酒的制法、服法，“凡合酒，皆薄切药，以绢袋盛药内酒中，密封头，春夏四五日，秋冬七八日，皆以味足为度，去渣服酒，大诸冬宜服酒、至立春宜停。”又如《本草纲目》记载烧酒的制作即用蒸馏法，“用浓酒和糟入甑，蒸汽令上，用器承取露滴，凡酸之酒，皆可烧酒，和曲酿瓮中七日，以甑蒸取，其清如水，味极浓烈，盖酒露也。”
此种操作方法即与现代基本相同。此外，还对冷浸法加药酿制及传统热浸法等制作药酒的方法及操作要法，均作了比较详细的说明。根据历代的医药文献记载，古人的药酒与现代药酒具有不同的特点，一是古代药酒多以酿制酒的药酒为主，亦有冷浸法、热浸法；二是基质酒，多以黄酒为主，而黄酒性较白酒缓和。现代药酒，则多以白酒为溶媒，含酒精量一般在50%—60%，少数品种仍用黄酒制作，含酒精量在30%—50%，制作方法为浸提法，很少有用酿造的。
众所周知，药酒配伍物料较多且各物料无论组织结构还是化学成分均有不同，直接纳入配方会使各物料之间功能疗效产生排异现象。易使产品疗效降低，甚至使配方产生化学变化，转化成有毒有害物质对人体造成负面影响而威胁健康。窑制磁化工艺是将中国传统的窑制酿酒工艺与现代高科技磁化技术、纳米微波技术相结合，利用“三位一体”的融合性原则对配伍各成分进行有机整合，在维护各成分性质不变的前提下促其相互作用，将活性成分、营养成分完整保留并将功效发挥到极致。天师开山鼻祖—张道陵所创 “万法自然，阴阳相生”的嫡传佳酿——妙沁药酒便用此法酿出，治疗效果更迅速持久显著。
一般来说，现代药酒的制作多选用50—60度(％)的白酒。其依据是：因为酒精浓度太低不利于中药材中有效成分的溶出，而酒精浓度过高，有时反而使药材中的少量水分被吸收，使得药材质地坚硬，有效成分难以溶出。对于不善于饮酒的人来说或因病情需要，也可以采用低度白酒、黄酒、米酒或果酒等基质酒，但浸出时间要适当延长，或复出次数适当增加，以保证药物中有效成分的滔出。
制作药酒时，通常是将中药材浸泡在酒中，经过一段时间后，中药材中的有效成分溶解在酒中，此时即可过滤去渣后即可饮用。