小儿推拿除了运用十四经穴及经外奇穴外，本身还有许多特定的穴位。这些穴位不仅有“点”状，而且还具有“线”状及“面”状，这是特点之一。有相当多穴位都聚结在两手，正所谓“小儿百脉汇于两掌”，这是特点之二。
本文着重介绍小儿推拿穴位位置、操作方法、次数（时间）、主治及临床应用。其中“次数”仅代表6个月～1周岁患儿临床治疗时参考，临诊时尚要根据患儿年龄大小、身体强弱、疾病轻重等情况而有所增减。
上肢部穴位治疗时，一般不分男女，仅操作一只手即可，临床习惯于推拿左手（亦可推拿右手）。小儿推拿操作的顺序，一般是先头面，后上肢，再胸腹、腰背，最后下肢。亦有根据病情或患儿体位而定顺序。
但是对于疼痛较敏感的穴位，或具有较重刺激力的手法一般都放在最后操作，以利得到患儿的配合。