初次感染生殖器疱疹的患者中，80%～90%为隐性感染，即没有临床症状，显性感染只是少数，无论初次经显性感染或隐性感染恢复后多数转为潜伏感染。潜伏期为1周至2个月。
生殖器疱疹种类
1、原发性生殖器疱疹潜伏期2～7天，原发损害是1个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体或尿道口，女性多在阴唇、肛周或阴道发疹，约90%同时侵犯子宫颈，也可累及直肠粘膜。常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴结肿大和压痛。症状持续1～2周，一般3～4周皮损结痂、愈合。
2、复发性生殖器疱疹多在原发感染后1～4个月内复发。复发性生殖器疱疹的临床表现与原发性的相似，但症状轻，皮疹范围小，病程也短，一般在数日内可自愈。复发前1～2天，局部常有刺痒或烧灼感等前驱症状。临床上所见到的复发性生殖器疱疹患者绝大部分为男性，女性患者由于症状不明显常不来就诊。复发与发热、月经、日晒、寒冷、某些病毒感染有关。
3、直肠肛门疱疹病毒感染，发生在男性同性恋者。患者肛门直肠疼痛，肛门有分泌物，大便时有里急后重感。
4、孕妇、新生儿HSV感染孕妇发生原发性生殖器疱疹常可导致流产、早产、胎儿异常甚或死胎。50%新生儿感染是发生在经原发感染孕妇产道分娩时，可出现高热、疱疹、肝脾淋巴结肿大、脑炎，甚或败血症，可致死亡。而孕妇复发感染时，新生儿感染的机会只有5%。