人是单纯疱疹病毒的唯一自然宿主。发作期、恢复期患者，以及不显症状的所谓健康带菌者为该病的传染源。主要通过病损处的水疱疱液、唾液及粪便中存在的病毒进行传播。该病主要通过性行为传染，通过被污染物品的间接传染较少。此外，患生殖器疱疹的母亲，在分娩过程中，经过产道可将病毒直接传染给新生儿，或怀孕过程中患病，当机体抵抗力低时，病毒可通过胎盘传给胎儿。某些因素如情绪激动、发热、月经来潮、性行为等，使潜伏于神经节内的病毒活化后沿周围神经下行至表皮细胞引起局部病损。
生殖器疱疹的传染源是患者及带病毒者，尤其是在患者的生殖器皮肤或粘膜的疱疹内含有单纯疱疹病毒，可通过性接触而传染给配偶或其他性侣，也可在同性恋者中互相传染。有时在口腔或口腔周围患有疱疹的人，可通过口腔生殖器性交，使对方传染生殖器疱疹。因此，不同方式的异性性行为，也可传播生殖器疱疹病。由于有传染性的病毒能在潮湿的环境中存活数小时，因而单纯疱疹也可通过污染物而间接传播。因为生殖器疱疹在潜伏中也有传染性，所以会让人在不知不觉成为疱疹的的传播者和受害者。
医生建议，不管你的性伴侣安不安全，健不健康，最好都要使用保险套，而且是全程使用；此外最好避免性伴侣复杂等情形，才可以避免的生殖器疱疹感染，而若是患了性疾病，也必须和性伴侣一起治疗，才不会一再互相传染，怎么治疗也治不好。