原发性生殖器疱疹感染潜伏期约为3～5天，患部先有烧灼感，出现红斑，很快在红斑的表面发生3～10个成簇分布的小水疱，数日后成为小脓疱，破溃后形成糜烂面和浅溃疡，局部红肿，有烧灼样疼痛。女性病人多发生于阴唇、肛门周围、阴道，但约90%的病人可同时侵犯子宫颈引起子颈炎或子宫炎；男性病人多发生于龟头、冠状沟、尿道口或阴茎体，有时可并发尿道炎。大多数患者有双侧腹股沟淋巴结肿大。
生殖器疱疹多发生在皮肤和粘膜的交界处，先是局部皮肤轻度发红，继而发出成群的像针尖大小的小水疱，有轻度发痒和烧灼的感觉，几天后就变干而结成棕色的痂，痂脱落后有轻微的色素沉着，但也很快就消失，全部病程平均一星期，但常见复发。