此病容易复发，而且是多次的，经常的，所以是性病中的顽疾。少数患者可以引起播散性疱疹，疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经疾病等一系列并发症。如果孕妇感染该病，还可引起流产、早产、死胎、及病死率较高的新生儿疱疹。
目前能有效抗疱疹病毒的药有：阿昔洛韦、万乃洛韦、法昔洛韦等，但必须在医生的指导下使用。通过药物治疗，可以缩短病程，促进皮疹愈合，减少病毒排放，降低传染性。这里要指出的是，在某些广告里被暗示有“特效”的干扰素、白介素等免疫制剂，在预防复发方面并无确切效果。
生殖器疱疹病人在进行药物治疗的同时，还应注意饮食清淡、休息适度、加强体育锻炼，并避免复发的可能诱因——紫外线照射、劳累、感冒、发热、精神紧张等。只要坚持正规治疗，生殖器疱疹的复发概率会逐渐缩小，大多数病人可不再与药物为伍。