胚胎早期的子宫内感染、缺血等原因可使大脑前部发育失常，而发生胼胝体缺失，晚期病变可使胼胝体压部发育不良。通常首先累及体部和膝部，也可同时累及膝部和压部，但单独累及膝部的情况较少，仅见于前脑无裂畸形。但胼胝体发育不良，是由于胼胝体形成的前驱阶段受损，并非发生于胼胝体形成期。胼胝体发育不良也有遗传基础。
胼胝体发育不良的原因因素
毒性─代谢性因素，如怀孕时母体酒精中毒或糖尿病，胎儿本身罹患某些代谢性疾病。
染色体异常，最常见的是三染色体8或三染色体18。
基因异常或某些特殊症侯群，会以显性遗传、隐性遗传或性联遗传的方式遗传而来。
怀孕初期胎儿的脑部受到感染。