若经常灌洗会导致阴道内自然健康的分泌物及菌体被清除，破坏阴道内的酸性环境，容易受到感染。同时细菌有被冲进子宫腔的可能，引起上行感染。
有些人认为灌洗阴道可以预防性病，便喜欢每次房事后尤其是当对方不愿使用避孕套时，用清水或清洗剂灌洗阴道。
实际上灌洗阴道并不好，因为阴道内有一些正常细菌生长，其中一种是乳酸杆菌，它可以使阴道内维持偏酸性的环境，对一些细菌的生长有很好的抑制作用。若经常灌洗会导致阴道内自然健康的分泌物及菌体被清除，破坏阴道内的酸性环境，容易受到感染。同时细菌有被冲进子宫腔的可能，引起上行感染，如附件炎、盆腔炎等。而且经常灌洗会造成阴道内干燥和瘙痒，性交时容易造成阴道黏膜的损伤，这就非常容易使HPV等病毒通过阴道粘膜的损伤缝隙进入人体，从而引起尖锐湿疣感染。