尿石症的主要病因为钙磷代谢紊乱以及其他因素。而患者对代谢紊乱方面比较关心。虽然尿结石的形成与代谢紊乱两者之间的关系仍无最终结论，高钙尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黄嘌呤尿、低枸橼酸尿等。
具体病因可分为
1、高钙尿：高血钙、甲状旁腺功能亢进、原发性远端肾小管酸中毒、髓质海绵肾、类肉瘤病、维生素D中毒、乳碱综合征、长期卧床、甲亢、特发性高钙尿吸收性高尿钙。
2、高草酸尿：原发性高草酸尿、维生素B6缺乏等。
3、高尿酸尿：痛风、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性红细胞增多症、先天性酶缺陷如糖原贮疾病、舞蹈手足徐动症等。
4、胱氨酸尿：属遗传性缺陷。
5、黄嘌呤尿：是常染色体隐性遗传的嘌吟代谢紊乱。
6、低枸橼酸尿：碱中毒、甲旁亢、维生素D中毒、酸中毒、低钾血症、尿路感染。