患者排便时，肛裂裂口内神经末梢受刺激，引起肛管内烧灼样或刀割样疼痛，疼痛刺激使肛门内括约肌收缩而又引起持续性疼痛，随时间推移肛门括约肌舒张，疼痛感减轻并逐渐消失，如此再次排便再次出现即形成反复性疼痛，这种现象称为肛裂周期性疼痛。
临床常见患者因怕痛畏惧排便，出现“怕痛忍便便干更痛”的恶性循环现象。典型症状是疼痛、便秘、出血。排便时干硬粪便直接挤擦溃疡面和撑开裂口，造成剧烈疼痛，粪便排出后疼痛短暂缓解，经数分钟后由于括约肌反射性痉挛，引起较长时间的强烈疼痛，有的需用止痛剂方可缓解。因此肛裂患者恐惧排便，使便秘更加重，形成恶性循环。
创面裂开可有少量出血，在粪便表面或便后滴血。检查时用双手拇指轻轻分开肛门口，即见溃疡面，新发生的肛裂边缘整齐、软、溃疡底浅，无疤痕组织，色红、易出血。慢性肛裂深而硬，灰白色，不易出血。裂口下方为“前哨痔”。肛指和肛镜检查会引起病人剧烈疼痛，不宜进行。