小儿佝偻病的发病原因是由于先天禀赋不足，后天喂养失宜，脾肾虚亏所致。
胎养失宜怀孕期间孕妇的饮食起居，精神调摄，无不影响胎儿的营养与发育。孕妇起居不常，营养失调，或疾病影响，都可造成胎儿失养，先天肾气不足。
乳食失调母乳缺乏、人工喂养，未及时添加辅食，或食品的质和量不能满足小儿生长发育的需要，致使营养失衡，脾肾虚亏，发生本病。
日照不足长期不直接接触阳光，可引起气血虚弱，影响脾肾功能。影响日照不足的因素，常与户外活动少，空气中多烟雾，或阳光被玻璃所挡有关。
本病病机由于脾肾虚亏。盖肾为先天之本，脾为后天之源。脾肾不足，可影响其他脏腑，故病变之初，不仅出现脾肾虚弱，还可出现心肝火旺、肺卫不固等证候。肾主骨髓，病之后期，症情较重，常见肾虚髓亏，骨气不充，骨质疏松，成骨迟缓，甚至骨骼畸形。由于佝偻病患儿体质虚弱，肺脾气虚，抗病能力低下，感受风邪后，常易蕴郁肺络，肺气闭塞而引起肺炎喘嗽；或因乳食不节，脾失健运，导致泄泻。