本病以胎热内蕴，口腔不洁，感染秽毒之邪为主要病因。孕母体内蕴积热毒遗于胎儿，或生后护理不当，口腔不洁，柔嫩粘膜易于破损，秽毒之邪乘虚而入，发为本病。或因疾病用药不当，正气受损，体内阴阳平衡失调，阴液暗耗，虚火内生，上熏口舌而成。鹅口疮的病变部位在心脾，病久可影响到肾。
脾开窍于口，脾络布于舌下，口腔粘膜有赖于脾气煦养；心开窍于舌，心脉布于舌上。心脾积热，循经上炎，熏灼口舌，秽毒外侵，致使口腔舌上产生白屑。若因婴儿先天禀赋不足，素体阴亏，或久病伤阴，肾阴不足，水不制火，虚火上浮，内熏口舌，亦可导致口腔舌上出现白屑，且绵延反复。