中医认为，花椒性温，味辛，有温中散寒、健胃除湿、止痛杀虫、解毒理气、止痒祛腥的功效；可用于治疗积食、停饮、呃逆、呕吐、风寒湿邪所致的关节肌肉疼痛、脘腹冷痛、泄泻、痢疾、蛔虫、阴痒等病症。
花椒主要有两个部位入药，即椒红和椒目，生椒红有小毒，辛温之性强悍，外用杀虫止痒作用良好，长于治疗疥疮、湿疹或皮肤瘙痒；炒椒红毒性减小，长于温中散寒，驱虫止痛，内服治疗脘腹寒痛，寒湿泄泻，虫积腹痛效果明显；椒目能利尿消肿，常用于治疗浮肿腹水等病症。椒红每天水煎服常用量3～6克，外用适量，煎汤熏洗；椒目每天水煎服常用量9～15克。
花椒含有挥发油(为柠檬烯、香叶醇等）、不饱和有机酸等。现代药理研究证实，花椒对炭疽杆菌、溶血性链球菌、白喉杆菌、肺炎双球菌、金黄色葡萄球菌、柠檬色及白色葡萄球菌、枯草杆菌等革兰氏阳性菌，以及大肠杆菌、宋内氏痢疾杆笛、变形杆菌、伤寒及副伤寒杆菌、绿脓杆菌、霍乱弧菌等肠内致病菌均有明显的抑制作用。可除肉类腥气；促进唾液分泌，增加食欲；扩血管，降血压；去除寄生虫；促进生殖腺体发育。能健胃、驱蛔虫，并有温暖强壮作用。下面是有关花椒的相关验方：
脾肾阳虚，腰冷脚弱，齿牙松动者：炒椒红、制狗脊、炒杜仲各等分，研细末，炼蜜为丸，每服3~9克，一日2次，连服一周。
关节肿痛，肌肉萎缩，四肢不遂者：炒椒红、伸筋草、川牛膝各等分，研细末，炼蜜为丸，每服3~9克，一日2次，连服两周。
胃脘胀闷，喜温喜按，食纳呆滞者：炒椒红、高良姜、陈皮各等分，研细末，炼蜜为丸，每服3~9克，一日2次，连服一周。
肢体浮肿，腹水腹胀，寝食难安者：炒椒目、车前子、葶苈子各等分，研细末，炼蜜为丸，每服3~6克，一日2次，连服两周。
肠道蛔虫，胆道蛔虫，呕吐腹痛者：炒椒红、乌梅、清半夏各9克，每日一剂，水煎两次，分两次温服，连服一周。
妇人痛经，畏寒肢冷，血块紫黑者：炒椒红、益母草、艾叶各10克，每日一剂，水煎两次，分两次温服，连服一周。此法可治寒凝气滞血瘀的痛经。
脱发斑秃者：生椒红、生姜各10克，浸泡在100克白酒中，1周后使用，用干净的软布蘸此浸液搽抹头皮，每天3～6次，连服两周。
外痔肿痛者：生椒红、苍术、黄柏各15克，每日一剂，用开水沏于盆中，患者先是用热气熏洗患处，待水温降到不烫，再行坐浴。全过程约20分钟，每天早晚各1次，连服一周。
蛀牙肿痛者：生椒红、蛇床子、黄柏各10克，用100克白酒浸泡一周，滤过去渣，用棉球蘸药酒，塞蛀孔内可立止痛。