蛲虫的致病作用是多方面的，主要有机械或化学刺激、营养消耗及虫体迷路所致的并发症而出现相应的临床症状。
在宿主肠道内不同发育阶段的蛲虫，对肠壁神经末梢均有一定程度的机械与化学性刺激。并可反射性地引起神经和胃肠功能失调。成虫的头部钻入肠黏膜内吸取宿主的营养，也可吞食肠内容物与微量血液。若蛲虫数量大则可影响儿童患者的营养吸收与身体发育。雌虫在肛门周围产卵可刺激皮肤，引起局部发痒、发炎或局部湿疹、出血和继发感染；长期刺激也可引起不同程度的神经功能失调。蛲虫附着于肠黏膜，并可钻入黏膜下层，导致肠黏膜的完整性被破坏，引起微小溃疡、小脓肿和出血等。成虫也可侵入阑尾引起急性或亚急性阑尾炎。偶尔雌虫逸出肛门外产卵，并可进入附近器官引起严重损害。可进入女性泌尿生殖系统；或经女性生殖系统进入盆腔或腹腔，并在局部产卵引起局部炎症和继发细菌性感染；后期可致肠黏膜嗜酸性粒细胞脓肿或肉芽肿；还可导致脏器损害、穿孔等。此外，有报道蛲虫引起的肺结节性阴影，推测可能是蛲虫经呼吸道移行至肺部所致。
蛲虫所致的病理改变主要为黏膜下淋巴组织增生、中性粒细胞浸润、结缔组织玻璃样变及脂肪性变等。