虫体在肠内不同的发育阶段，可刺激激肠壁及神经末梢，造成胃肠神经功能失调。成虫附着于肠粘膜可引起局部炎症，雌虫穿入深层肠粘膜寄生后可引起溃疡、出血、粘膜下脓肿。在少数情况下蛲虫亦可侵入肠壁及肠外组织，引起以虫体（或虫卵）为中心的肉芽肿。蛲虫的异位损害侵袭部位非常广泛，最常见的是女性生殖系统、盆腔、腹腔脏器等。肺及前列腺的损害亦有报道。由于异位损害的器官不同，患者可表现出多种多样的临床症状及不同的体征，常常造成误诊。蛲虫肉芽肿的形成肉眼所见为白色中心微黄色的小结节。组织切片显示外层为胶原纤维的被膜，内层为一肉芽组织包烧着的中心坏死区，坏死区内有虫体或虫卵。