由于囊虫侵入颅内的数目、部位不同，以及囊虫的发育过程和死亡不一，因此临床症状复杂多变，病情波动。少数病例由于大量囊虫进入脑内，发病急骤，出现明显的精神和神经障碍，甚至迅速死亡。一般而言本病神经损害取决于囊虫数目和位置所致的机械效应及囊虫引起的炎性和中毒反应。表现为颅内压增高、局灶神经体征、癫痫、精神障碍等。
按临床特点可分下列类型
①脑膜脑炎型：由一次大量感染后引起弥漫性脑水肿，反应性炎症变化等。临床表现有精神异常、全身性癫痫、瘫痪、失语、感觉障碍、脑膜刺激征、共济失调和昏迷等症状，不能以脑的局灶损害解释。
②癫痫型：发作形式有大发作、小发作、精神运动性发作或局限发作等。同一病人可具有二种以上的发作形式，且极易转换。多样性和易转换性为本型皮下囊虫病的特点。
③脑瘤型：表现为颅内压增高、癫痫、强迫头位、瘫痪和感觉障碍等。
④脊髓型：囊虫侵入椎管，产生脊髓压迫征，如病变水平以下的运动、感觉和大小便障碍等。