南京中医院座落在闻名海内外的南京夫子庙，是一所集医、教、研和康复为一体的三级甲等综合性中医院。医院创建于1956年，经过半个世纪的风雨沧桑，几代人的艰苦创业，目前医院占地面积19300平方米，医疗用房44000平方米，定编床位404张，科室设置齐全，年门诊量51万余人次，年收治病人近一万人次。
南京中医院现有高级卫技人员145人，其中享受政府特殊津贴的6人，国家级师承指导老师7人，省级名中医11人，省级名中西医结合专家3人，市级名中医23人，市级名中西医结合专家2人，教授、副教授、讲师219人，博士、硕士生导师22人。拥有丁泽民、刘永年、高淑华、丁义江、莫燕新等一批著名的国家、省、市名医，他们以百姓的健康为己任，勤求医训、广采众长，医术医德响誉海内外。
南京中医院拥有众多高精尖医疗新设备，包括螺旋CT、DR、DSA、数字胃肠机、CR、彩超、高压氧舱和血透机等，其中万元以上医疗设备512台，医疗设备总价值达7000万元。
南京中医院的特色专科、特色技术迅猛发展，不断创新。
肛肠科是全国中医肛肠专科医疗中心、国家级重点学科、“十一五”重点专科、江苏省“135”中医重点学科、“江苏省示范中医重点专科”、南京市重点专科。在全国中医肛肠学会名誉会长、博士生导师丁义江教授的带领下，取得了令人瞩目的成果。中心下设医疗部、科研部及教学部，共有146张床位，诊治病种包括痔、肛瘘、便秘、大肠炎性疾病、大肠肿瘤、先天性肛肠疾病等60余种，一些疾病的诊治、科研水平全国领先，并试刊了《中西医结合结直肠病学》杂志。
脑血管病科成为国家“十一五”重点专科，同时还被江苏省评为“江苏省示范中医重点专科”，“多发性脑梗死”被列为“十一五”重点专病强化建设项目。该科采用国内、外先进技术诊治脑血管病，在华东地区首家实施卒中单元，并形成独具特色的突出中医、中西医结合、针药并用、急救与康复的治疗体系。
妇科是省级中医重点专科建设单位、市级中医重点专科，其“更年期综合征”被列为国家“十一五”重点专病建设项目，该科研究多种制剂，对诊治更年期综合症、不孕症及功能性子宫出血等妇科疾病效果良好，并具有很强的综合应急能力，拥有宫、腹腔镜，开展各项妇科手术、中孕引产、无痛人流等。
骨伤科是省、市级中医重点专科。该科采用传统手法、中药内服外敷、介入、手术等手段治疗各类骨折、脊柱相关疾病、腰椎间盘突出症、颈肩腰痛等骨伤疾病有独特疗效，显现出了中医、中西医结合的治疗优势，其中激光介入治疗颈、腰椎间盘突出症居省内领先。
肿瘤科是江苏省中医临床重点专科建设单位，南京市中西医结合疼痛治疗中心，在南京市较早成立内生场热疗中心。利用中医药治疗，热疗，腹腔灌注化疗，术前和术后辅助化疗，生物免疫治疗等综合治疗方法，微泵24小时持续滴注化疗，疗效明显，在肠癌的诊治上处于领先水平。
针灸科是省级中医重点专科、世界卫生组织国际针灸培训中心临床基地。该科运用中医瑰宝——针灸开展了普通针灸、水针、腹针、浮针、头针、灸疗、经络整脊等疗法，治疗眩晕、肩周炎、头痛、中风、面瘫、颈椎病、腰突症、肥胖病、高脂血症、尿路感染及结石、哮喘、及神经系统、消化系统等各类疾病，诊治效果显著。
老年科是南京市中医临床重点专科建设单位，该科对骨质疏松症、高尿酸血症、老年性痴呆及亚健康状态、中医养生、康复等为重点的专病研究已具一定成效。特色制剂：六味骨仙饮、丹橘胶囊等。消化科是南京市中医临床重点专科建设单位，以传统中医中药和现代医疗技术相结合治疗消化系统多发病、常见病，对各种疑难病如溃疡性结肠炎、反溃性食道炎等疗效独特，多次获市科技进步奖。
急诊科是南京市中医临床重点专科建设单位，集120急救、急诊、抢救、ICU留观病房为一体，设有内、外、妇、儿、骨伤、五官、口腔、眼科诊室，运用中西医结合综合手段及现代化的医疗设备救治各类危急重症患者。
养生康复中心以突出传统医疗优势，针对亚健康人群和特需医疗市场的需要，利用中医中药的独特优势，构建了高层次的诊疗服务平台，强调未病先治的观点和个性化服务理念为服务对象设计了独特有效的保健和治疗方案。开展药茶、药浴、按摩、推拿、理疗、药膳、名专家方剂及膏滋等康复医疗。
医疗技术的全面发展，带来了科研、教学上双丰收。近五年，医院获市以上科技进步奖20多项，科研工作还实现了数项“零的突破”：首次承担国家级十五攻关项目并与2007年通过验收；首次获国家自然科学基金资助和江苏省自然科学基金资助；首次获教育部博士点基金项目资助。教学队伍不断壮大，教学水平明显提高，1998年医院为江苏省医药院校附属教学医院首批达标单位，人才培养初见成效，一批中青年学科带头人及其后备人员脱颖而出，深受群众欢迎的名中医数量不断增加。多年来一直承担南京中医药大学理论教学，近五年带教实习毕业生4000多人次，先后多次被江苏省中医药管理局、南京中医药大学评为教学管理先进单位。针灸科还是南京中医药大学国际教育学院针灸教育培训基地，已为30多个国家和地区培训针灸医师千余人。
医院现为中国中医药学会肛肠分会、江苏省中医脑病专业委员会、江苏省中医儿科专业委员会、南京市中医药学会及南京针灸学会的挂靠单位。医院广泛开展国际学术交流，先后有30多位专家赴日本、美国等20个国家和地区讲学、访问；日本、奥地利等十多个国家医学专家来院访问与学术交流。
开放进取的南京中医药大学第三附属医院（南京市中医院）将继续发扬“敬业、仁爱、求实、创新”的医院精神，坚持中西医结合，坚持继承与创新，坚持以病人为中心，坚持诚信为本，一个基本现代化的南京市中医院将成为祖国医学园地上一支更加艳丽的奇葩！
公交车乘坐方法
1、南京车站－夫子庙（南京市中医院）
南京车站（1路）－夫子庙
2、长途东站－夫子庙（南京市中医院）
长途东站北坐311路在杨公井换乘1路/游2路到夫子庙太平南路
3、南京汽车站－夫子庙（南京市中医院）
南京中央门汽车站（1路）-夫子庙
4、汉中门－夫子庙（南京市中医院）
汉中门坐9路/5路、在新街口东换乘1路到夫子庙(太平南路)
5、中山码头－夫子庙（南京市中医院）
中山码头（31路）－建康路长白街步行三百余米