他擅从肝肾论治妇科病，从脾肾论治老年慢性病，自创的“双补汤”、“清胰汤”、“更年汤”等被临床喜用。主张辨病和辨证相结合，是重庆市首批名老中医。
段亚亭，男，1928年3月生，安徽界首人，中共党员，本科学历，重庆市中医院主任中医师。
1962年7月毕业于成都中医药大学中医专业，1984年7月至1989年4月任重庆市中医院院长兼针灸推拿研究所所长，1985年被评为重庆市首批名老中医，1991年被评为全国首批500名老中医药专家学术经验继承工作指导老师。
临床工作
1、段亚亭从事医疗卫生工作60余年，有深厚的中医理论水平，在中医临床和中医管理工作等方面均有很高的造诣，每日诊务繁忙。
2、秉承理论依法施治，在上世纪60年代就运用中药尝试治疗“急性胰腺炎”等危急重症，开创了中医治疗急症的先河，创制的“清胰汤”流传至今，仍被临床所习用。
3、对《傅青主女科》研究颇深，认为妇人以血为本，又与肝肾密切相关，故治疗妇科病主张多从肝肾论治，如治疗女子崩漏时，采用补肾、凉血和止血的治疗原则，取得了很好的效果。通过大量临床观察到更年期综合症诸症，以肾阴阳具虚型多见，创制出具有调补阴阳，滋阴涵阳的“更年汤”。
4、在治疗老年人及多种慢性病时常从脾肾论治，他自创的“双补汤”除具补脾肾、益气血功效外，还有保健、预防延缓衰老的作用，该方临证疗效卓著，一直被临床喜用。根据湿邪重浊粘滞，为病无处不到，易侵犯脾胃等特点，创制出用于脾胃虚弱、湿阻中焦引起脾胃功能失调的“除湿汤”。
学术思想
1、他学术上有创见，敢立新。在学术思想上强调整体观念，辨证施治。辨证主张以脏腑为中心，以证为重点，治疗采用以攻主证为主，兼顾其受累脏腑的治疗原则，特别擅用多脏腑辨证方法辨治疾病。他认为人体以脏腑为中心，辨证时一定要从整体观念出发，采用两脏或多脏腑辨证法，才能全面、正确地作出诊断。
2、重“气化”，抓“两本”。他在临床中非常重视调理脾胃和培补肾的气化功能。他认为脾胃为后天之本，肾为先天之本。在临床上，无论脾胃自身之病或其他脏腑之病影响脾胃之证都是比较常见的，而久病又多归于肾，所以强调抓“两本”，具有十分重要的临床意义。
3、西学中用，用药主张辨证与辨病相结合。治疗疾病是根据疾病的性质和特点，确立相应的治疗原则和立法遣药、消除病因，解决疾病的主要矛盾，达到治愈疾病的目的。在治疗中，他主张辨证用药与辨病用药相结合的方法，如对盆腔炎，除以中医辨证论治外，他还根据现代医学对本病病因、病理改变的认识，常在处方中加具有抗菌消炎作用的蒲公英、紫花地丁、红藤、黄柏、银花等药物；对因过敏所致的皮疹患者，在处方中常添加具有抗过敏作用的乌梅；对慢性结肠炎患者，除健脾止泻外，还加入适量的黄连以消炎抗菌，从而提高疗效，缩短病程。
学术继承
他严格挑选的二位继承人，在他的悉心指导和熏陶下迅速成长，均已成为重庆市的名中医。
科研成果
他深入研究撰写成果，启迪后学。撰写并发表了数十篇文章，对临床有很大实用价值；他与沈舫钦合著的《新中医学三字经》也成为中医初学者的入门读物；他参与或指导科研课题5项，获得优秀论文奖6项，1985年他从事的“中医药治疗盆腔炎”研究获四川省卫生厅成果奖。
社会参与
1988年被中国针灸学会重庆分会理事会聘为第一届理事会会长；1989年被全国中医学会重庆分会聘为常务理事；1994年被载入《中国当代中西名医大辞典》；1995年被《实用中医药杂志》杂志社聘为顾问；1995年被重庆中医学会聘为副会长等。