注意药物的性能、药理作用、剂量、配伍禁忌、副作用和过敏反应。凡能引起过敏反应的药物（如青霉素等），必须先作皮试，副作用较严重的药物，应谨慎使用。
一般药液不宜注入关节腔、脊髓腔和血管内。这些药液误入关节腔，可引起关节红肿、发热、疼痛等反应；误入脊髓腔，有损害脊髓的可能。
在主要神经干通过的部位作穴位注射时，应注意避开神经干，或浅刺以不达到神经干所在的浓度为宜。如针尖触到神经干，患者有触电感，要稍退针，然后再注入药物，以免损伤神经。
注射躯干部，不能过深，防止刺伤内脏。孕妇的下腹、腰骶部及合谷、三阴交等穴一般不宜作穴位注射，以防引起流产。