原发性尿道癌的组织类型按其起源部位而有不同，以鳞状上皮癌占多数，移行上皮癌次之，腺癌较少见。男性尿道舟状窝部覆盖鳞状上皮，阴茎部和球部尿道覆盖假复层或柱状上皮，后尿道则覆盖移行上皮。阴茎部尿道肿瘤50%～70%起自球部，约50%继发于远侧的尿道狭窄，伴有粘膜鳞状上皮化生，因而发生鳞状上皮癌者居多；腺癌则起源于尿道球腺或Lirttre腺。
尿道球、膜部肿瘤常侵犯会阴部深层结构，包括阴茎和阴囊皮肤、尿生殖膈和前列腺；舟状窝的肿瘤可侵犯富含血管及淋巴管的阴茎头。前尿道肿瘤通常转移至腹股沟浅深淋巴结。后尿道肿瘤则转移至闭孔和髂内、外淋巴结，但当肿瘤侵犯阴茎或会阴部皮肤时则可转移至腹股沟淋巴结。尿道癌尤其是前尿道癌很少发生务行转移。远处转移的部位最多为肺，次为肝和胃，偶可转移至胸膜和骨。