由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，多不能完全治愈，只能减轻症状。
局麻下，完全切除肛乳头，以及病变的肛窦炎，无明显出血者，可不作结扎，只须压迫止血即可。对术后患者，应每天温盐水坐浴，口服润肠通便的药物，防止大便干燥。影响伤口愈合，同时，在3～5日后以指扩张肛管，以免伤口粘连，对伴有肛门梳硬结的老年人，在手术时当一并切开。
注意饮食卫生和生活方式。合理的生活，忌酒忌食辛辣食品等，以减少对肠道和肛门的刺激。
调畅大便，养成良好的排便习惯。养成每天排一次便的习惯。不仅可以有效的预防肛管炎，而且还可预防便秘，减少因便秘强行排便而对肛管等造成的损伤。
保持肛周干燥，干净。保持肛周的干净，可以有效的抑制许多细菌的增生，也有效的控制了细菌的再生和感染。