根据病情施行手术疗法。一次性切开疗法适用于浅部脓肿，切口呈放射状，从脓肿最高处切向肛内感染的肛隐窝”内口，并切除感染的肛隐窝或内口，搔刮脓腔，置凡士林或红油膏纱条引流。
口开加挂线疗法适用于高位脓肿（坐骨直肠窝脓肿，直肠后间隙脓肿）。具体操作方法是经局部消毒后在腰俞穴麻醉下，先穿刺了解脓肿部位。再于脓肿部位作放射状切口，切皮肤、皮下组织至齿线处，再用组织钳分离至脓腔，引流脓液，用双氧水和生理盐水清洗：腔，修剪脓腔边缘呈梭形，再用探针从脓腔向肛内探查，探通内口，用橡皮筋从内口穿出（另一端从脓腔拉出），将两端收拢结扎，脓腔内填以红油膏纱条，外盖敷料。
单纯切开引流适用于体质虚弱或不愿住院治疗的深部脓肿，在压痛最明显或波动感明显部位，向肛门缘作一放射状切口，引流脓液，用双氧水和生理盐水清洗脓腔。红油膏纱条三鹿，待形成肛瘘后，再按肛痿处理。
注意事项，定位要准确，脓肿部位较深，表面按压波动感不明显时宜先穿刺抽脓定位。脓肿切开时，要用手指探查脓腔，分开脓腔间隙，切开后换药要保持引流通畅，使新肉向外生长。术中应尽量切开或切除原发或可疑原发肛隐窝，防止肛瘘形成。土术后常规配合使用抗生素，坚持每天换药，内服清热解毒中药，防止毒邪旁窜。