探针检查主要探明管道行走方向、深浅和内口的位置。将球头探针从外口插入，另一手食指戴指套伸人肛管作引导，再沿管道徐徐探人，从内口穿出。检查时禁用暴力，以免造成假内口。
灌注色素无菌纱布卷成烟卷状，长约loan，塞人肛内，从漏管外口适当加压灌注龙胆紫或1%亚甲蓝液体适量。片刻后，再按原来方位拔出纱条，观察纱条染色的位置，即可判断内口位置所在。
X线检查对复杂性肛漏，管道不清、内口不明者，可将碘化钠溶液从外口加压注入后拍片，依此了解管道的行走方向及内口的大概方位。如考虑为结核性肛瘘，宜照胸片及做其他相关检查。