肛周反复流脓水，久不收口。一般初形成的肛漏流脓较多，而时间较久者则脓水渐少。
若脓水突然增多，兼有肛门部疼痛者，常表示有急性感染或有新的支管形成。当瘘管通畅时一般无疼痛感。若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部疼痛，并可伴发热、恶寒等全身症状。外口破溃脓水流出后，症状又可迅速减轻。
肛门视诊可见外口，外口凸起较小者多为化脓性；外口较大、凹陷、周围皮肤紫暗者，多为结核性；低位肛漏可在肛周皮下触及硬索，高位或结核性者一般不易触及。
肛门部汗腺炎、毛囊炎肛门周围皮肤的汗腺、毛囊发生炎症，常可在肛周皮下形成窦道和外口，流脓，并不断向周围蔓延，但肛管内绝无内口。