肛漏以手术治疗为主，根据漏管位置的高低及复杂程度，其手术方式可分为切除疗法、切开加挂线疗法两种。手术成功的关键在于准确地找到内口，并将内口切除。
切除疗法，适应证低位肛漏。忌证瘘管病史少于3个月；瘘管有酿脓现象；有严重的肺结核及其他严重的全身性疾病者。操作方法取截石位或侧卧位常规消毒，腰俞麻醉或局部浸润麻醉下，先在肛门内塞人一块盐水纱布，再用注射器从漏管外口注人1%蓝，如纱布染有颜色，则有助于寻找内口。用球头探针从外口探人，同时用另一手食指伸人肛内作引导，小心将探针从内口探出，提起探针两头，用剪刀剪除漏管管壁及周围疤痕组织，形成一口宽底小的创面，伤口填塞凡士林纱条。注意事项术前应仔细检查漏管行走方向，确定为低位肛漏方可行一次性切除疗法。手术时应仔细探查原发内口，以免用力过猛，形成假的内口，导致手术后漏管复发。术后每天换药一次，让肉芽组织从基底逐渐生长，防止桥形愈合。
切开加挂线疗法，切开加挂线疗法是高位肛漏的一种常用手术方法。此法具有简便、经济、不影响肛门功能、瘢痕小等优点。其机理是切开部分漏管周围组织后利用结扎线的机械作用，通过紧缚所产生的压力或收缩力，使局部组织血运受阻，发生缺血性坏死，缓慢切开，使断端有与周围组织产生非炎症性粘连的机会，防止肛管直肠环突然断裂回缩而引起肛门失禁。目前多以橡皮筋代替丝线，可缩短疗程，减轻术后疼痛。适应证高位肛漏。禁忌证同切除疗法。操作方法患者取侧卧位，局部消毒，腰俞穴麻醉或局部麻醉，先在球头银质探针尾端缚扎一橡皮筋，再将探针头从漏管外口轻轻探人，同时用另一手食指伸人肛内摸查接应探针头，并从内口探出，提起探针两头，在内外口之间切开皮肤及皮下组织，切口上至齿线稍下方，下至外口。再将探针从漏管内完全拉出，使橡皮筋穿过漏管，再提起橡皮筋两头并拉紧，紧贴切口创缘用丝线结扎橡皮筋两端，再在结扎线外二cm处剪除多余的豫皮筋。，用凡士林纱条填塞伤口，外盖敷料。注意事项术后保持大便通畅，每天便后用1/5000高锰酸钾溶液坐浴后再换药。术后每隔2-3天拉紧橡皮筋重新结扎一次。一般7-10天左右漏管即被挂断。术后换药应仔细、认真，务使伤口从基底部开始生长，防止桥形愈合。