恶性滋养细胞肿瘤是发于胞宫的病变。胞宫又名女子胞，位于少腹，是女子之血脏，属奇恒之府。其在冲、任、督、带及脏腑等的共同协调作用下，完成其正常生理功能。胞宫病，多因先天秉赋不足或经期、产后失调、饮食劳倦、七情内伤、伤于房室及六淫之邪内侵等，致脏腑失和，冲、任、督、带失调，气血乖违，气机阻滞，瘀血内停于胞宫，滞而不行，日久成积。
发病机制如下
情志抑郁，气滞血瘀
七情内伤是主要病因之一，如《济生方·积聚诊治》所说：“忧、思、喜、怒之气，人之所不能无者，过则伤乎五脏。留结而为五积。”可见情志为病，首先病及气分，使气机不畅，由气及血，血行不畅，冲任气血乖违，脉络瘀阻。气血瘀滞，日久凝结成块，则为石瘕。《证治准绳·女科》及《张氏医通·妇人门上》皆认为不成胎而成石瘕者“因七情脾肺亏损，气血虚弱，得失常道，冲任乖违而致之者”和“皆由其人阳气不足或肝气郁结，不能生发，致阴血不化而为患也。有因经行时饮冷，停经而成者；有郁痰、惊痰、湿痰凝滞而成者；有因恚怒气食瘀积互结而成者”。
酒食内伤，滋生痰浊或邪毒侵袭，留着不去由于饮酒过度，或嗜食肥甘厚昧、煎博辛辣之品；或饮食不节，损伤脾胃，使牌失建运，以致湿浊内停，甚至凝结成痰，痰湿蕴结，冲任失调。痰浊阻滞之后，又会进一步影响气血的正常运行，形成气机郁滞，血脉瘀阻，气、血、痰互相搏结于冲任带脉，而引起石瘕。亦有因六淫外邪及邪毒侵袭人体之后留着不去，导致受病脏腑失和，气血运好不畅，痰浊内生，气滞斑血瘀，热毒蕴结，日久形成石瘕。正如《诸病源候论·妊娠鬼胎候》沦为：“荣卫虚损，则精神衰弱，妖魅鬼精得入于藏，状如怀娠，故曰鬼胎也。”久病石瘕或攻伐过度，波及阴血，毒邪未除，内热更炽，则见一派阴虚毒热之象。石瘕日久，耗伤气血病久，脏腑气血亏虚，正不胜邪，邪恋不祛，更如耗伤气血，冲任失调，石瘕难除。
总之，正气内虚是发病之本，多因妇女先天秉赋不足，或后天情志、饮食、劳倦、产后及外感六淫之邪等损伤人体正气。妇女受孕之时，正气不足，邪毒外侵，冲任乖违，气血不畅，瘀毒搏结也可致病。正如《三因极一病证方论》曰：“多困经脉失于将理，产蓐不善调护，内作七情，外感六淫，阴阳劳逸，饮食生冷，隧致营卫不输，新陈干仵，随经败浊，淋露凝滞，为症为瘕。”《推求师意·妇人门》谓：“若夫不成胎者有二焉，一为母身之天真不足以化其胎。一为父精不足，自致子宫与天赋凝结之真不全，故在三月则化不成形也。”
综上所述，本病病位在胞宫，与先天秉赋不足及后天冲、任、督、带及脏腑等功能受损，或邪毒侵袭有关。属正虚邪实之病。