治疗小儿病毒性心肌炎原则为清热解毒，扶正祛邪，活血化瘀，温振心阳，养心固本。病初邪毒犯心者，治以清热解毒。湿热侵心者，治以清化湿热；气阴亏虚者，治以益气养心；心肾阳虚者，治以温补心肾；心脉瘀滞者，治以活血化瘀。
邪毒犯心
证候：发热或低热延绵，或不发热，鼻塞流涕，咽红肿痛，咳嗽有痰，或腹痛腹泻，肌痛肢楚，短气心悸，胸闷胸痛，舌红苔薄，脉细数或结代。
分析：风热邪毒客于肺卫，邪正相争，则发热或低热延绵；外邪束表，肺失宣畅，故鼻塞流涕，咽红肿痛，咳嗽有痰；肺与大肠相表里，肺气不宣，大肠传化失司，中焦气机不畅，故腹痛腹泻；邪气与气血相搏，肌肤失养则肌痛肢楚；邪毒人里，侵及心脉，心失所养，则短气心悸，脉结代；心气不足，气滞血瘀，故胸闷胸痛。
治法：清热解毒，扶正养心。
方药：银翘散加减。常用药：金银花、连翘、薄荷、淡豆豉清热透表，板蓝根、贯众、虎杖、玄参清热解毒、凉血活血，太子参、麦冬益气养阴。
邪毒炽盛加黄芩、生石膏、山栀清热泻火；胸闷胸痛加丹参、红花活血散瘀；心悸、脉结代加五味子、柏子仁养心安神；腹痛腹泻加木香、扁豆、车前子行气化湿止泻。
湿热侵心
证候：寒热起伏，全身肌肉酸痛，恶心呕吐，腹痛腹泻，心慌胸闷，肢体乏力，舌红，苔黄腻，咏濡数或结代。
分析：湿热邪毒束表，则寒热起伏，全身肌肉酸痛；湿热郁于中焦，故腹痛腹泻，恶心呕吐；湿热内侵心脉，则心慌胸闷，脉结代；舌红、苔黄腻、脉濡数均为湿热之象。
治法：清热化湿，解毒透邪。
方药：葛根黄芩黄连汤加减。常用药：葛根清热解表，黄连、山豆根、板蓝根清热解毒化湿，苦参、黄芩清化湿热，陈皮、石菖蒲、郁金行气化湿。
胸闷气憋加瓜蒌、薤白、甘松理气宽胸；肢体酸痛加独活、羌活祛湿通络；心慌、脉结代加丹参、柏子仁、龙骨宁心安神。
气阴亏虚
证候：心悸不宁，活动后尤甚，少气懒言，神疲倦怠，头晕目眩，烦热口渴，夜寐不安，舌光红少苔，脉细数或促或结代。
分析：热毒犯心，耗气伤阴，致心神失养，则心悸不宁，夜寐不安，脉结代；气虚则少气懒言，神疲倦怠；动则耗气，故活动后尤甚；阴虚则烦热口渴；气阴不足，头目失养，故头晕目眩；阴虚生内热，则舌光红少苔，脉细数或促。
治法：益气养阴，宁心安神。
方药：炙甘草汤合生脉散加减。常用药：炙甘草、党参益气通脉，桂枝温阳通脉，生地、阿胶、麻仁滋阴养血以充血脉，麦冬、五味子养阴敛阴，酸枣仁养心安神，丹参活血化瘀。心脉不整加磁石、鹿衔草以镇心安神；便秘常可诱发或加重心律不齐，故大便偏干时，应重用麻仁，加瓜蒌仁、柏子仁、桑椹等养血润肠。
心肾阳虚
证候：心悸怔忡，神疲乏力，畏寒肢冷，面色苍白，头晕多汗，甚则肢体浮肿，呼吸急促，舌质淡胖或淡紫，脉细无力或结代。
分析：心肾阳虚，鼓动无力，血液不能正常运行，则心悸怔忡，脉细无力或结代；气阳不足则头晕多汗；阳虚不能温运则畏寒肢冷，面色苍白；阳虚水泛则肢体浮肿；阳虚血行不畅，则舌质淡胖或淡紫。
治法：温补肾阳，宁心安神。
方药：真武汤加减。常用药：附子、干姜、鹿衔草温补肾阳，炙甘草、白术益气健脾，茯苓、泽泻利水渗湿，丹参、柏子仁、龙骨宁心安神，桂枝交通心肾，温阳通脉。
气虚加党参（或人参）、黄芪以补元气；肢肿加猪苓、防己利水消肿；悸动喘息加葶苈子、苏子、白芥子以泻肺气。若出现四肢厥冷、大汗淋漓、脉微欲绝等心阳暴脱之证，应急投参附龙牡救逆汤以回阳救逆。
心脉瘀滞
证候：心悸不宁，胸闷憋气，心前区痛如针刺，面色晦暗，唇甲青紫，舌质紫暗，或舌边尖见有瘀点，脉结代。
分析：心脉瘀滞，血行不畅，则心悸不宁，胸闷憋气，心前区痛如针刺；面色晦暗，唇甲青紫，舌质紫暗，舌边尖瘀点，脉结代均为瘀血之象。
治法：行气活血，宁心安神。
方药：血府逐瘀汤加减。常用药：当归、丹参、桃仁、红花、赤芍养血活血化瘀，川芎、柴胡、延胡索、川楝子行气活血止痛，桂枝温阳通脉。
心前区痛甚加蒲黄、五灵脂祛瘀定痛；胸闷憋气加瓜蒌、甘松行气宽胸；肝脾肿大加郁金、降香、莪术行气化瘀消积。