小儿疳证病病因主要为喂养不当，疾病影响，以及先天禀赋不足。
喂养不当乳食不节，喂养不当，是疳证最常见的病因，由于小儿乳食不知自节，“脾常不足”，常由乳食太过或不及所伤。太过是指乳食失节，饥饱无度，过食肥甘厚腻之品，生冷不洁之物，以致食积内停，积久成疳，正所谓：“积为疳之母，无积不成疳”。不及是指乳食喂养不足，如小儿生后缺乳，过早断乳，未及时添加辅食，以及因食物数量、质量不足，或偏食、挑食，使营养精微摄取不足，气血生化乏源，不足以濡养脏腑肌肤，日久成疳。
疾病影响多因小儿长期患病，反复感染，或经常呕吐，慢性腹泻，或时行热病，病后失调，津液受伤，均导致脾胃虚弱，化生不足，气血俱虚，阴液消耗，久则致成疳证。
禀赋不足父母精血不足，或孕妇患病遗害胎儿，或孕期用药损伤胎儿，以致早产、难产、出生低体重等。先天禀赋不足，脾胃功能薄弱，运化不健，水谷精微摄取不足，形成疳证。
疳证的病因虽有不同，但病变部位总在脾胃，其主要的病机变化是脾胃虚损，津液消亡。病机属性以虚为本。脾胃同居中焦，阴脏阳腑，相互络属，共同完成饮食物的消化、吸收、利用。胃主受纳腐熟，脾主运化输布，使水谷之精微化生气血，濡养全身。脾胃不健，生化乏源，气血不足，故临床可出现面黄肌瘦，毛发枯黄，饮食异常，大便不调等疳证之象。脾胃病变有轻有重，初起病情尚轻，仅表现脾胃不和，运化失健的证候，称为疳气，正如《证治准绳·幼科》所言：“发作之初，名曰疳气”。若病情进一步发展，1脾失健运，积滞内停，壅滞气机，即为疳积。久则脾胃虚损，津液消亡，气血俱衰，导致干疳。
疳证日久，气血虚衰，全身失养，必累及其他脏腑受病，而出现兼证。如脾病及肝，肝开窍于目，肝血不足，肝之精气不能上荣于目，可见两目羞明，眼珠混浊，白翳遮睛之“眼疳”；脾病及心，心开窍于舌，心火内炽，循经上炎，则见口舌糜烂或生疮之“口疳”；脾病及肺，土不生金，肺气受损，则易反复外感，或出现咳嗽、潮热等“肺疳”；脾病及肾，肾主骨，肾精不足，骨失所养，久则骨骼畸形，出现“鸡胸”、“龟背”、肋缘外翻等“骨疳”；脾病日久，中阳失展，气不化水，水湿泛溢肌肤，出现全身浮肿之“疳肿胀”等。脾虚气不摄血，血溢脉外，可见皮肤紫斑出血；甚则脾虚衰败，元气耗竭，阴阳离绝而卒然死亡。