“吞酸”之病机，多数医家认为寒则阳气不舒，气不舒则郁而为热，热则酸矣。若不因寒而酸者，多见于水气郁甚，熏蒸湿土而成或吞酸或吐酸也。此外，饮食太过，胃脘填塞，脾气不运而酸者，是怫郁之郁，湿热蒸变，然总是木气所致。医家张景岳云，“但其顺而下行，则人所不觉，逆而上出，则喉口难下甚耳”。说明吞酸之发生，在于“气不舒”、“脾气不运”，继而升降失职，胃气上逆成吞酸。肝、脾、胃之气机失调，是吞酸的主要病机。
现代医学也认为，吞酸多由于胃肠功能紊乱，胃中气体不能顺利下排而随嗳气将胃液反流至咽部，而出现吞酸。这与中医肝气郁结，脾气不运，胃气上逆，是相吻合的。
中医治疗吞酸，治以调理肝脾，使胃气和顺为治疗原则。要达到调理肝脾，当需从整体进行辨证论治，审证求因，补其不足，泻其有余。或清或利，或消或行，使肝舒脾健，吞酸自消。临床上常用治吞酸的方剂如左金丸、越鞠丸等，均有理气降逆作用。左金丸用于肝郁化火者；越鞠丸则用于气、血、痰、火、湿、食之郁结所致之吞酸。除此之外，保和丸、平胃散也因其有善治食滞，或湿郁于内，脾胃不和而吞酸者。对于虚证，常用香砂六君子汤加减，以健脾和胃。对于脾胃虚寒者，则选用黄芪建中汤理中汤等。中药调理胃肠肝脾功能之品有：木香、砂仁、陈皮、半夏、白蔻仁、吴茱萸等，均为治疗吞酸症之良药。