疾病的发生，关系到致病因素和机体本身抗病能力两个方面，《内经》把这两个方面概括为“邪”和“正”，认为疾病发生与否，取决于邪、正两方面的作用。
两虚相得 乃客其形
“两虚相得，乃客其形”出自《灵枢·百病始生篇》。其所谓“两虚”，一指外来的虚邪，即贼风邪气；二指人体内在的正气虚，只有在虚邪与正气虚这“两虚”相逢的情况下，邪气才能伤害人体发生疾病。“虚邪”与正气虚乃是外感发病的两个必备条件，而这两者之间，又以正气虚为发病的关键。
如果人体正气充盛，则正能胜邪而不易发生疾病，即《素问·刺法论》所谓“正气存内，邪不可干”。如果人体正气虚弱，则邪气乘虚侵袭人体，正不能胜邪而容易受病。所以《素问·评热病论》特别指出“邪之所凑，其气必虚”，就是说，邪气侵犯人体，人体的正气一定虚。可见正气虚弱乃是疾病发生的决定因素，而外来邪气则是疾病发生的重要条件。
这就是《内经》一再强调的以内因为主的发病学思想，诸如“精神内守，病安从来”（《素问·上古天真论》）；“清静则肉腠闭拒，虽有大风苛毒，弗之能害”（《素问·生气通天论》）；“故藏于精者，春不病温”（《素问·金匮真言论》）；“人血气积，肌肉充，皮肤致，毛发坚，腠理郄（闭），烟垢著（形容皮厚体肥），当是之时，虽遇贼风，其入浅不深”（《灵枢·岁露》）等。《难经》所说的五脏“旺者不受邪”；《金匮要略》所说的“五脏元真通畅，人即安和”，都贯穿了《内经》这一发病学思想。
此外，《素问·经脉别论》还指出“生病起于过用”，所谓过用，即过度耗用；凡饮食、劳逸、情志、房室等各种因素超过了常度，耗伤了人体，便可以产生疾病。这仍然是从邪正两方面的作用认识发病，仍然是以内在因素为主的发病观思想。
所以高士宗《医学真传》说：“人身本无病也，凡有所病，皆自取之，或耗其精，或劳其神，或夺其气，种种皆致病之由。”
故邪相袭 因加而发
凡邪气伤人，没有立即发病，而是潜伏体内再由某种诱因触发，这种故邪与新邪相加而发病的情况，《灵枢·贼风》称之为“与故邪相袭”，“因加而发”，此即后世所谓“伏气学说”的理论导源。
《灵枢·贼风》指出：“尝有所伤于湿气，藏于血脉之中，分肉之间、久留而不去；若有所堕坠，恶血在内而不去；卒然喜怒不节，饮食不适，寒温不时，腠理闭而不通。其开而遇风寒，则血气凝结与故邪相袭，则为寒痹。其有热则汗出，汗出则受风……必有因加而发焉。……亦有故邪留而未发，因而志有所恶，及有所慕，血气内乱，两气相搏，其所从来者微。”
这里提出了5个方面的伏邪：一是伤于湿气，久留不去；二是有所堕坠，恶血在内；三是情志不节，气机逆乱；四是饮食不适，脾胃损伤；五是寒温失调，卫气失固。并提出了两个方面的诱发因素：一为外受寒、热、风邪而触发；二为情志波动如所恶、所慕，使血气内乱而触发。
这些内容，较之后世温病学家的伏气说，其范围要大得多。温病学家所论伏气温病，如春温、伏暑等，均只指外受的六淫邪气，并未涉及情志等诸多因素。其实，临床所见故邪因加而发的情况颇多，远远不止于伏暑和春温。
如《素问·生气通天论》所云“春伤于风，邪气留连，乃为洞泄；夏伤于暑，秋为痎疟；秋伤于湿，上逆而咳，发病痿厥；冬伤于寒，春必温病”，即是其例。
勇怯厚薄 因形而病
《内经》认为，人体形态的缓急、气血的盛衰、性格的刚柔、体质的强弱都与发病相关。《灵枢·论勇》说：“有人于此，并行并立，其年之长少等也，衣之厚薄均也，卒然遇烈风暴雨，或病或不病，或皆病，或皆不病，其故何也？”答曰：“黄色薄皮弱肉者，不胜春之虚风；白色薄皮弱肉者，不胜夏之虚风；青色薄皮弱肉者，不胜秋之虚风；赤色薄皮弱肉，不胜冬之虚风也……黑色而皮厚肉坚，固不伤于四时之风。”这就是说，凡薄皮弱肉者，不胜四时之虚风，容易感邪受病；凡皮厚肉坚者，不伤于四时之虚风，不易感邪受病。
《灵枢·五变》还以树木为比喻，说明体质因素在发病过程中的重要作用。它说：“木之阴阳，尚有坚脆，坚者不入，脆者皮弛，至其交节，而缺斤斧焉。夫一木之中，坚脆不同，坚者则刚，脆者易伤……况于人乎？”以人应木，“人之有常病也，亦因其骨节、皮肤、腠理之不坚固者，邪之所舍也，故常为病也”。
一是由于体质强弱不同，故虽同时感受邪气，也会出现“或复还，或留止”，即有的不病，有的发病。
二是由于人体各部都有厚薄差异，邪气乘虚而入，其薄弱部位即为“邪之所舍”，故感受同一邪气，亦可出现“或病此，或病彼”，即所谓“一时遇风，同时得病，其病各异”。
三是由于人体质的差异，往往对某种疾病亦有易感性。《灵枢·五变》指出：“五脏皆柔弱者，善病消瘅”，“小骨弱肉者，善病寒热”，“粗理而肉不坚者，善病痹”，正所谓“因形而生病”也。